契約書に印紙がなくても法律上は契約は成り立つのだけど、契約書に印紙を貼ることによって契約が存在したことを証することになります。第三者に対しても「契約があったのだな」ということが理解できます。
府庁と国土交通省にそれぞれ提出した同一日、同一内容なものの金額だけが違う2種類だか3種類の契約書が出てきて、もしそれに印紙がすべて貼ってあったとしたら形式上そういう契約があったのだな、と提出先はみなしてしまうのですが（この点、府庁と国土交通省は責められない）、府庁と国土交通省はともかく、もし値段の違う複数枚の契約書が融資してる金融機関にばれたら、それと府庁は騙せても万一税務調査に入ったら租税当局にどういう説明をするつもりだったのだろう、とは思った。
当該学校法人と請負の建設会社のメインがどこだか知らないけど、裏帳簿とかの存在を疑いはじめるのでそのうち貸金の回収に走るんじゃないかなあ