上野の国立西洋美術館と東京都美術館のどちらがお勧めかとのことですが、
個人的にフェルメールの絵では「真珠の首飾りの少女」も好きだったので両方見られて良かったです。ただ東京都美術館のマウリッツハイス美術館展にはフェルメールの他の絵も来てますし、レンブラントやルーベンスの絵も数点づつ来ています。国立西洋美術館のベルリン国立美術館展にもレンブラントの絵が一枚ありましたが。

駅から近いのは国立西洋美術館でベルリン国立美術館展は1500円
動物園の隣りの東京都美術館のマウリッツハイス美術館展は1600円
割引チケットとか探せるといいですね。