今調べたところメタンの爆発限界が35ppmで2005年（映画公開年）辺りの大気中メタン濃度が1.8ppm程度なのでまあいくら上層低圧環境で大規模なCMEでも爆発しないんじゃね？
むしろCMEによる人体への放射線影響のほうが甚大な気がする。