んー……論点がよく分かってないのかも知れませんが(俺が)、

関係性萌えと、キャラクターそのものに対する萌えって、
別に二択とかじゃないですよね？
単体でも魅力的なキャラクター(同士)が、
これまた魅力的な関係性を結んでいくとこってオイシサ二倍じゃないかと思うし。

どっちかだけで他方が無い、
「純然たるキャラ萌え」とか
「純然たる関係性萌え」とかってケースって、
皆無じゃないとは思いますがどのくらいあるんだろ。