性別適合手術の件、調べてみたけどやはり
「保険適応になるのは手術のみ、ホルモン療法は適応見送り。既にホルモン治療を開始してる患者が保険適応で手術をしようとする場合、混合診療に該当する為に保険適応は受けられない」
ということになってるみたいで……。

ただ、性別適合手術の一つであるFtMの胸の手術の場合は、ホルモン治療前に行う場合もそこそこあり得るので、保険適応になれば「胸オペまで保険適応、それから先のホルモン治療や下半身のオペは適応外」で、手術や治療に伴う健康リスクを不必要に増大させずに済みそうではあります。

あと、「混合診療はまとめて保険適応外」ということで言うと、精神科を受診して保険適応下でカウンセリングや診断の確定という「精神療法」を受けてから、ホルモン治療や手術といった身体的な"治療"を開始する時点で既に「混合診療」にはなっている訳ですが、
多くの場合はこういうケースでも「精神療法」分が保険適応外とされることはなく、言わば黙認されていることが大半であるらしいので、say-01さんのご友人の場合も、主治医の方が何か抜け道というか、うまいやり方を考えておいでなのかもしれません。