ツアーのホテルパック商品で飛行機代がバカ安になるのは、飛行機もホテルも、ある程度の利用率を確保しないと経営が厳しくなるからです。例えば、飛行機は、席が何割埋まろうが、燃料代は同じだけかかります。
航空券をプロパーで買う最大の魅力は、キャンセルや振替の融通が利きやすいこと。仕事で出張したいけど、何時の便になるかわからなかったり、お客さんの都合で帰りの便を決められなかったりする時には、プロパーで取ります。といっても、これも航空会社の公式webで取るのが一般的です。（格安会社なんかだと、公式webでしか買えないところもありますし。）

東海道新幹線の場合、JR東海ツアーズのひとりツアー形式のパック商品だと、プロパーの新幹線往復代よりちょっと安い程度で、ホテル一泊分がついてきます。