iOS版のアップデート後、
起動するとGoogleアカウントの許可設定からやり直し
→その後明らかに新規キャラクターとしてゲームが始まる
という現象が発生した。

何か変だ、とすぐに終了してアプリ削除（これに伴って端末内の設定ファイルも削除）。
再ダウンロードからまっさらな状態でやり直してみたところ、許可設定のところで複数あるGoogleアカウントのうちポケモンに使っていない方が選択されていることが判明。
どうやら先ほど新規で始まったのはこれを見落としたのが原因だったようで、そこで改めてポケモン用のアカウントを選択することで無事に元のゲームに復帰できた。

というわけで、iOS版だけかどうかはわからないが、一つの端末で複数のGoogleアカウントを使い分けている場合は要注意かもしれない。