私も何年か前には一時電車に乗ると必ず気分が悪くなって（悪くなる気がして）止まる駅の少ない急行なんかには乗れなかった時もありました。でも、各停だと時間がかかっちゃって、それはそれでしんどい。
精神的なものもあったので、自分をごまかすために「ここで気分が悪くなったら席を譲ってくれそうな優しそうな人はどの人かな」とあたりをつけておいたり・・・。
きっとそのうち大丈夫になれますよ。