厳密に言えば確かに矛盾しております。
1.は「不純であることがありえます」と答えるべきでした、失礼。
　
食い違いはsankasekiさんが「県立の研究所」の切り口から見ているのに対して、僕が「いちご研究所」の切り口で見ている点にあると感じます。
B.について、『いちご研究所』であるなら研究動機として「いちごの品種改良」が最も大きなものでなければ「不純」であると考えます（ただちょっとここは僕もよく考えがまとまりません。少しでもそれ以外の目的が入ったときには不純と表現すべきか）。
そして僕は報道から「この研究所はイチゴがどうこうより栃木の農家の方が大事なのではないか？」と感じました。
これは「定義」ではなくて「感想」です。ですので「栃木いちご研究所は不純である」とは断定せずに「不純くさい」と表現しています。
A.の「乖離」と言うのも同様の視点によります。
研究所が『栃木県いちご農家振興研究所』とか言う名称であったら突っ込もうと考えなかったと思います。
　
私の元発言は茶化して揶揄したものですし、根拠ではなく感想をベースにしたものです。
ですが何かに囚われ過ぎているとは考えていません。