具にする場合は少し辛めの味噌に合うと思います。赤強めの合わせ味噌とか。
味噌を溶いてからトマト（薄切りや、くし切り）を入れてあたたまる程度に火を通します。
また、皮をむいたトマトを出汁と一緒に鍋に入れて形がなくなるまで煮込んだものをベースにする使い方もあります。