本文をコメントでよごしたくない、という思い込みにより、
ここにリンクを貼れば、ご本人にTBが飛ぶと思うのでこちらで。
http://naporin.hateblo.jp/entry/2015/06/05/021515

を拝読して、私が本っ当に大事なWEBをEvernoteに保存する際の手法をば。
１：　http://www.printwhatyoulike.com/　にアクセスし、Enter a URL にURLを入力。その後不要部を削除し整形。
　　　　（私はChromeを使っているので、アドオンを使うことで、サイトにアクセス・URL入力の手間は省いてます）
２：　整形後のページをEvernote に保存（Web clipperにて）

Web clipperも万能ではない(当たり前だが大事なことです)ので、広告部を保存してしまうこともあるんですね。
保存したいサイトによっては、それを保存してしまうことすら煩わしいし、保存されたものをEvernote上で修正するのは、
もっと煩わしい（自分のハイクを毎日evernoteに保存しているワイだからこそ、煩わしさはよく解る）

で、１：で挙げたサイト（orアドオン）を使うわけです。
元々は、Save paper & ink の名の通り、印刷する際のツールなんでしょうが、これをevernoteへの保存に使っております。

画面のキャプチャにも使えますのでお試しくださいな。
　（電車乗換案内関係も、このサイトで不要な部分をガシガシ削除してからキャプチャして、携帯電話に転送していた時期あり）