マジレスすると
店員はむやみやたらと｢有難うございました｣と言わないように教育されているのかも知れません
たとえば
｢レジ袋に入れなくていい｣

｢テープでいい｣
｢箸やスプーンやストローはいらない｣
とお客様がおっしゃった場合に
｢有難うございます｣
というと
袋詰めとかフォークとかつけるのがいやみたいじゃないですか
と研修で言われる（ことが多い）んですよ
この場合は｢恐れ入ります｣というべきらしい（ただお客様によっては｢有難うっていいなさいよ｣とキレるから難しい）
謝るのは丁寧に謝りなさいと教えられているから口をついてでるのでは
ミスはミスだし