わーい、いらっしゃいませ。
大分からですと別府→八幡浜、臼杵→八幡浜、佐賀関→三崎
等ございます。佐賀関便は多少お安いのですが、自走以外では鉄道駅が遠く、バスでの移動となりますし四国側は便が少ないです。
船の便数では臼杵→八幡浜が2社運行なので多いのではなかったかと思います。