いえいえそうでなくて。
実際に跳んだジャンプの基礎点から引かれます。
村上選手のフリップがシングルになった例だと、シングルフリップ0.5点に後半ボーナスがついて0.55点からGOE-3です(1回点ジャンプだとGOE-3となると実際の減点は0.3点です)