自分も気になったので検索してみました。

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甘納豆は、１８５７年（安政４年）に「栄太楼」さん（現在は日本橋栄太楼総本舗さん）という和菓子屋の３代目が開発したもので、当時は「甘名納糖」と呼ばれていました。
（中略）
　その後、「甘名納糖（あまななとう）」が省略されて、戦後には 「甘納豆」となったようです。

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http://www.nattou.com/topics/ama.html