元海上自衛官ですが、私の知る限りでは、職種によっては業務中でも制服を着用しなくても良い場合がありますし、休暇中もその義務はありません。
それと、自衛官に限らず警官なども同様でしょうけど、民間の方にどのような危害を加えられようと、一切の手出し口出しは許されません。
全ての国民は自分達が守るべき対象なんですから当然です。法令で定められているのかどうかは知りませんが、そのように教育されております。
今はそう直接の危害を加えられることはないでしょうけど、いわゆる革新系政党の支持層が強い地域では自衛官が蔑視されることはありますし、そのような地域でなくとも、一昔前は「税金泥棒」と罵倒されることがしばしばあったと聞いています。
公務執行妨害で逮捕して貰えるんだから黙って石ぶつけられておけ、というのは随分乱暴な話ではありませんか？
貴方がどんな意見を持っていようと構いませんけど、不正確な知識と勝手な憶測で自衛官の態度を断じてご自分の主張に利用するのはやめてください。