今さっきOpera16に更新したら、この設定だと逆にシングルキーショートカットが効かなくなりました。
Preferencesファイルの該当部分を削除して再起動、改めてopera::settings から「高度なキーボードショートカットを有効にする」にチェックを入れればOKでした。
リリース情報チェックしてないのですが、どうやら以前の使い勝手が少しずつ戻ってるみたいですね。