実際に京都では法華宗の妙蓮寺、立本寺、本能寺が赤松勢の陣所にされるとして、これを破却すべしとの風聞が立ちます。
その後、河内では政元被官の上原元秀による義材本陣への奇襲攻撃が行われますが、京都へ帰還した赤松・浦上軍は本能寺、妙蓮寺に入ったものの、妙満寺は既に寄宿免許の申請を受けた政元方が制札を打っていたため、その門前で赤松・浦上勢と細川勢が衝突、妙満寺の仏殿・諸堂が焼け落ちるという事件が起きました。
政則は直前に政元の姉（洞松院）を継室に迎えたばかりで、嵌められたという思いが強かったと思いますが、政元との間で何らかの交渉があったのでしょうか。義材の脱出前には幕府に出仕しています。
あるいは、後年に異例の従三位上階が認められたのも、政変の顛末と無関係ではないのかもしれません。

一方の義興は、義材が京都を脱出して越中へと逃れる間にも兵庫に駐屯し続け、京都では義材に呼応した義興が三種の神器を奪いに来ると噂されたようですが、どうも出番を失ってしまった感じです。上洛した赤松政則との連携も切れてしまったのでしょう。
政元になすすべなく翻弄させられた義興を叱責したものか、国元にいた大内政弘からの命令で義興の近臣が数名切腹させられ、間もなく帰国したようです。