三好長慶が三好政長との対立から細川氏綱（旧高国方）へと離反した際、末吉文書の瓦林家（旧澄元方）は長慶に従っていて、これと入れ替わるように旧越水城主の河原林対馬守（正頼の後継者）が政長を支援するために榎並城に入ってます。
おそらく末吉文書の瓦林家はそのまま三好家に従属し、長慶死後に松永久秀が三人衆と対立した永禄9年に至って、松永方として三人衆方の篠原長房と戦って敗死した「越水衆」の一人で最後の越水城主とされる瓦林三河守が登場、という流れになるでしょうか。
ただし、末吉文書にこの人物が見えないことを考えると、同じ瓦林でもどちらかが傍流ということなのかもしれません。
あと、西宮市史の説と馬部先生の説が矛盾しない方向で考えてみると、摂津と和泉の両方に瓦林家は続いていて、摂津の瓦林家はこの時に一族旧領の和泉へ逃れて末吉文書を伝えたという可能性もあるかなーと。

池田家中の瓦林氏（越後守？）との関係、松永久秀の多聞山城主時代に家老を務めた瓦林左馬允秀重、三好義継の奉行人を務めた瓦林六太夫長親（長房）など、いずれも末吉文書には登場しないため、まだよく分からない部分が多いですが…。
そもそも末吉文書に登場する瓦林氏の中で重要な地位に就いたことが分かる人物って、日向守だけなんですよね。
瓦林六太夫などは三好家の偏諱を授かった上で当主の側近になっているんですが、その後の消息が全く分からないというのは非常に残念です。やはり越後守に期待するしかないか…。