船上城本丸跡の近くにある寶蔵寺は木造毘沙門天を本尊とする真言宗大覚寺派の寺院ですが、高山右近が入城した際、僧侶達を追放した後、教会として使われたと伝えられています。
フロイス『日本史』によれば、秀吉は仏像を船で運びだして大坂へと逃れてきた僧侶達の懇願を無視し、右近の振る舞いを追認したようです。
明石では二千人がキリシタンに改宗したと伝えられ、その後、秀吉の方針転換により禁教令が出されるわけですが、一部は隠れて信仰を続けたようで、昭和になってその名残と見られる十字架が出土しています。




これですわ（笑）

なお、船上城の話は、地元史家の木村英昭さんが『史料 明石の戦国史』という本を書かれていて、そちらが詳しかったです。（県立考古博物館の資料室にありましたが、昭和60年発行で自費出版本のようでした。）
日本城郭大系12巻の旧明石郡の執筆も担当されている方で、『歴史と神戸』にも「船上城とその時代」という論文が掲載されているとのこと。