元亀4年の義昭挙兵といえば子の義尋の扱いを信長がどう考えていたのかが気になるところです。
Wikipediaの「足利義尋」を見たところ、信長は「来年からの年頭儀礼は義尋にするべき」と毛利家に伝えていたとあり、藤田達生氏はこれを織田政権内に幕府機構を取り込むために一定の格式を与える意図と捉えられているようです。
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E8%B6%B3%E5%88%A9%E7%BE%A9%E5%B0%8B

ちなみに義尋の生母は側室の「さこの方」で、龍野赤松氏の赤松政秀娘と言われてます。なので家格的には日野家や近衛家から迎えられた正室の子と比べるとだいぶ劣ることになりますね。