細川幽斎（本能寺の変当時は藤孝ですが）については詳しくはないですが、それほど将軍家への忠義なんて持ち合わせていなかったんじゃないかと思ってます。（もちろん、藤孝が義晴の落胤なんて与太話も信じません）
だったら元亀4年の義昭挙兵の際、なんで信長に付くことを選んだのかって話です。
その後、細川家が旧幕臣の受け入れ先になったことは否定しませんが、それは「幕府再興」＝足利将軍家再興とは真逆の行為に見えますし。
ただ、あるいはその時点では、義昭しょうがねーなって思いつつ、別に信長だって将軍に取って代わるってんじゃないだろうし、そのうちお互い妥協して戻ってくるんじゃね？みたいな感じだったのかもしれません。
そうだとしたら、光秀が織田政権の中で幕府体制を維持していたという小林正信氏の説もうなずけるんですが…。
今のところ、義昭が本能寺の変の黒幕というよりも、天下人となってしまった信長を倒すには義昭の帰洛を当面の目標とするしかなくって、光秀はそのために長宗我部とも連携していた、毛利も乗ろうとしていたけれどまだ家中の意見が統一できてなかったのかな、という印象です。