ナナリーが目が見えないのは, "目の前でマリアンヌが殺害されたショックによる精神的なもの"だったはずなので, それをそのまんまギアスでナナリーに(ルルーシュにもかな)偽の記憶として植えつけたと考えられなくもないかな.

まあ、全部推測なわけですが...