自分も気になって調べてみました
2chのフレンドコード交換スレのテンプレ

>ここはポケモングローバルリンクでゲームフレンドになる為にともだちコードを交換するスレです
>ともだちになる手順
>お互い友達コードを登録しWi-Fiコネクションに同時に接続します。（交換や対戦をする必要はありません）
>友達手帳のリストの部分を見てきちんと登録されているのを確認しセーブします
>その後お互いポケモンを寝かしつけるとともだちになれます
>サーバー側のリスト更新は1日1回(時間不明)なので、反映まで2～3日かかる場合があります。

だそうですよ.