都会の通勤電車とローカル線じゃ同じ電車でも全然状況は違うと思いますが…。
ローカル線でも通学時間帯は混んでたりすることもあって、そういう時は遠慮するでしょうし。
あるいはそれなりに人が座ってる状況でも、隣も向かいも全て仲間だったり同類だったりすると遠慮はしないでしょうし。
食べる物の臭いが強いかそうでないか、時間によっても遠慮の度合いも変わってくるでしょうし。