簡単に言えば、宗教法人は「公益性」があるという事です。
元々宗教法人（宗教法人法により認証を受けた法人）は非営利法人なので、宗教行為に関する収入（お布施や宗教行事への謝礼など）には課税できません。
（所得については法人税法、土地、建物などの取得に関しては固定資産法に規定があります。）
ただし、収益事業（宗教法人の土地を貸したり、物品の販売など）には税金がかかります。
ただし、優遇税制が適用されて一般の法人税率よりは大分低い税率が適用されます。