>近くにミニストップがあるのでWAON自体は割と使うんですがチャージャーがないんですよね…

私もその点は不便だと思っています。
WAONのチャージや残額の確認はミニストップのレジでも行う事ができます。
ただ、店員に申し出なきゃならないのが面倒ですけど。
ちなみにEdeyも同様で、チャージの機械がない店舗（ローソンやファミリーマートなど）では、レジにチャージや残額の確認ができる機能が備え付けてあります。