バックアップでシステム全体が取れるのであれば、取った上でハードディスクのフォーマットを行った方がいいと思います。
（物理エラーチェックも）
ハードディスクに損傷がなければ、既存のハードディスクに再インストールをすればいいし、修復不可能なエラーが見つかる様であれば買い替えた方がいいです。
今は、2TBのシリアルATAハードディスクも安価ですから、これを機会にハードディスクの容量を増やしてみてはいかがでしょうか？
（WindowsXPは2TBまではサポートするみたいです。）