＞・それらの中で、変換インターフェイスで出力サイズをミリで指定できるものがありますか。

印刷時のページ設定で「PostScript カスタム ページ サイズ」（英字の場合あり）を選択すると任意のサイズに変更できます。

> ・・１ページずつ３ファイルに分割出力する（一動作で、ファイル名に通し番号をつける）もの、
> ・・１ページを１ファイルに出力するので３回出力を人力でおこなうもの
> ・・３ページを１ファイル（３ページのｐｄｆ）として出力するもの
> 　たぶん３番目がメジャーだとおもいますが、１や２のような動作モードがあるものはあるでしょうか。

PDF出力も通常の印刷と同じなので、全てのページを一度に印刷する方法（3番目）と選択したページだけを印刷する方法（２番目）で印刷できます。
１番目の分割印刷（「分割出力する（一動作で、ファイル名に通し番号をつける）もの」）については手動でしか無理の様です。
（印刷毎に能動的に通し番号をつける）