公害対策基本法はすでに廃止されていますね。
（現在は環境基本法だそうです。）
環境基本法や民法は一般法で、原子力賠償法は特別法です。
特別法優先の原則に照らし合わせると、原子力災害における損害賠償は特別法である原子力賠償法で処理するしか無い様です。