非公開になった質問も含めて、正確な質問番号を取得する方法としては

1.ツイッターの人力検索公式アカウント（@hatenaquestion）のログを取得する。
（ただし、ツイッターの過去ログは3200件までしか遡れないので、毎日取得しないと過去ログが正確に取れません。）
2.質問メールを全て受信する。

今のところこの二つが正確に取る方法みたいです。
私も昨年の7月から全ての人力検索の質問メールを受信していますが、現在23000件余りあります。
（Gmailを使っていますので、アーカイブされた質問を合わせるともう少し件数は増えそうです。）