つい最近も、違反質問投稿→質問一覧非表示（ただし質問自体は残っている）→質問非公開　の流れで非公開になった質問がありました。
あくまでも推測ですが、ユーザーから一定数のアピール（違反通報）があると自動的に質問が一覧から消え、その後運営が確認の後に質問を非公開に…
運営も休日や夜間に張り付いてチェックしている訳ではないので、取り敢えずは違反質問を質問一覧から隠し、一般ユーザーの目に触れない様にしているんではないでしょうか？

人力検索で違反通報をするのは、余程のヘビーユーザーか物好きですから、違反通報を悪用する可能性は低いと見ているんでしょう。
ツイッターや質問通知メール、RSS等を用いたQ&A横断検索サービスだと、違反質問がバレバレですけど、利用者全体から考えたら少数ですので、質問一覧から消してしまえば
ヒドい事（質問が拡散して他のサイトへ飛び火する）は起こらないと思います。