昔から云われている事なんですが、人力検索の手数料だけでは赤字なんです。

例えば有料質問が1日100問（全て100ポイント）として、10000ポイント
1ヶ月（30日）で300000ポイントになります。
はてなが質問者から受け取る手数料は支払いポイントの5％ですから300000×5％＝15000ポイント（円）
1ヶ月15000円じゃサーバーの電気代にもなりません。
もしも1ヶ月の支払いポイントの合計100万ポイントとしても、はてなに入る手数料は50000円。
どちらにせよ、黒字には程遠いですね。

はてなの売上ははてなポイントから得られる収入（人力検索の手数料や有料オプションの売上）とはてながHPで配信している広告料なんですが、
売上殆どが広告収入なんです。　つまり、人力検索を無料にしても、そんなに困らない訳です。
それよりも、完全無料化で利用者が増える可能性があるので、完全無料化ははてなに取ってもメリットのある事なんです。

ただし、完全無料化により質問の質・回答の質が確実に低下しますので、完全無料化のブームが一息とついた段階でPV数は確実に減ると思います。