巨人の場合、2年もしくは3年連続で優勝を逃すと監督交代になるみたいです。
それに原監督は10年間で監督を続けていたので、交代のタイミングだったのでしょう。

http://bis.npb.or.jp/teams/yearly_g.html
読売ジャイアンツ 年度別成績 （1936-2015）・日本野球機構オフィシャルサイト

野球賭博については、監督よりも球団フロント（社長や代表、オーナー）の責任問題だと思います。