今回のはてなポイントの廃止は、IPO（株式市場への上場）がらみではないかと推測しています。
4日前（5/26）にはてな利用規約が改正（http://hatena.g.hatena.ne.jp/hatena/20150526/1432620276）になり、反社会的勢力等への資金提供及び利益供与行為の禁止が明文化されました。
以前からはてなポイントがマネーロンダリングに利用される可能性が指摘されていましたし、過去には人力検索での不正利用（http://hatena.g.hatena.ne.jp/hatenasupport/20090831）や、複数アカウントを用いたはてなポイントの不正取得（http://yoshiya.hatenablog.com/entry/2012/09/30/121549）及び配布行為がありましたので、現状のままのはてなポイントでは、コンプライアンス的にアウトではないかと監査法人がら指摘があったのではないかと思います。
また、はてなポイントの管理及び換金（アマゾンギフトカードへの交換）が負担になっているのも事実でしょう。