> ただし、この法律又は他の法律に別段の定めがある場合は、この限りではない。

ただし書きによって法律の例外・条件規定を設ける事はよくある事なので、別段おかしい訳ではないですよ。

例えば、憲法第44条（両議院の議員及びその選挙人の資格は、法律でこれを定める。但し、人種、信条、性別、社会的身分、門地、教育、財産又は収入によつて差別してはならない。）とか
憲法第54条2項（衆議院が解散されたときは、参議院は、同時に閉会となる。但し、内閣は、国に緊急の必要があるときは、参議院の緊急集会を求めることができる。）

第44条のただし書きは、国会議員の選挙権・被選挙権の条件を法律以外で規定してはならない（旧大日本帝国憲法では、納税額や性別（男子のみ）、職業などの制限がありました。）という条件規定で、第54条2項のただし書きは、衆議院が総選挙で解散した時、国会の議決が必要な場合に参議院の緊急集会を招集できるという例外規定です。

憲法第9条1項の戦争の放棄については、同条2項に国の交戦権を認めないとあるので、1項に但し書きをつけてしまうと2項と矛盾してしまいます。

参考
第９条　日本国民は、正義と秩序を基調とする国際平和を誠実に希求し、国権の発動たる戦争と、武力による威嚇又は武力の行使は、国際紛争を解決する手段としては、永久にこれを放棄する。
２　前項の目的を達するため、陸海空軍その他の戦力は、これを保持しない。国の交戦権は、これを認めない。