メダカ水槽に入れる流木を近所の海岸（家から2.5キロ）で拾ってきました。
ネットの情報によると、重曹をいれたお湯で煮る事で流木のアクが取れるとの事。

沸騰させて10分煮てからお湯を捨てるを繰り返す事3回。
目に見えるアクが取れました（茶色い水が流木から出たアク）

あとは外に放置して、一日一回水を取り替えます。
約一ヶ月で水槽にいれても大丈夫だそうです。