次の元号が終わる頃には、明治生まれの方（1868年～1912年）も亡くなっているでしょうし、その前にシステム改修をするでしょうから、問題は無いと思いますよ。
（万が一、皇太子様が…　になった時は、システム改修が大変だと思いますが）