私は、文庫本（漫画）を入れて収納に使う事がありますよー。
箪笥の間仕切りにも、利用します。いずれも昔から、ちょうどいいサイズだな、と思ってやっています。

靴を入れていた、と言っても土足で履いた靴を入れておいた訳じゃないし
購入してすぐ靴を出して、その箱を利用するので、私は特に抵抗はありませんでした。
（目に見えて汚い箱は、靴の箱に限らず利用しませんし……）
しかし、お店で試着するのも土足だ！と考えられるならオススメはしません（笑）

ただ、中には靴を、靴箱に収納する方がいらっしゃいますよね？
履いた後、手入れして靴の箱にしまっておいておく場合。
そういう靴箱を、他のものの収納に、という発想はないですね。
それはもう、靴の収納箱なので。