私も無印のA4ワイドのクリアファイルを使っています。
40ホルダーだったかな。少し大きめで入れやすいです。
切り抜きには何年何月の何の雑誌かをシールに書いてファイルの右上に貼っています。
雑誌の解体は、ホッチキッスで止まってるものは、真ん中の針が見えてるところを開いて、手芸用（私はビーズで使っていた）ペンチでゆっくり開きます。はさみでもいいと思います。
あとは好きなページを抜いて、カッターで定規を当てて切る。
背表紙がのり付けのものは、めきめきっと力入れて開けば結構割れますので、あとは背表紙（裏の方から）少しずつカッターで切り目を入れれば分解できます。
私は少しくらい失敗しても気にしないので、ファイルに納めるだけで満足しちゃいます。